В игре Mortal Kombat 3 Ultimate доступны следующие способы боя: 1) Mortal Kombat — это аркадная игра; 2) 4 Player 2 on 2 Kombat — друг против друга выступают две команды, по два бойца в каждой. Сначала разбираются первые герои в каждой команде, а когда один из них умирает, выскакивает второй. Можно играть как вчетвером, так и вдвоем; 3) 8 Player Tournament Kombat — локальный турнир. Восемь героев проходят через серию плей-офф матчей. Победителю достается награда — одно из «сокровищ Шао Кана».